Het algemeen bestuur is het hoogste bestuursorgaan. Dit bestuur heeft als taak het beleid vast te stellen en te controleren of dat goed wordt uitgevoerd.
De maandelijkse vergaderingen van het algemeen bestuur zijn openbaar en voor iedereen vrij toegankelijk. Het algemeen bestuur kent twee soorten vergaderingen. Besluitvormende vergaderingen en commissievergaderingen. Er zijn vijf commissies, namelijk Waterveiligheid en vaarwegen; Water en ruimte & Gezond water; Waterketen; Bestuur, strategie en internationaal; Financiën, bedrijfsvoering en digitalisering.